使用時，一定要正確操作，小心謹慎。操作粗心或操作方法錯誤會引起儀器的損壞。在使用中，下述各項一定引起足夠的重視：
（１）微調是顯微鏡機械裝置中較精細而又容易損壞的元件，擰到了限位以后，就擰不動了。此時，決不能強擰。否則，必然損壞。調焦時，遇到這種情況，應將微調退回3～5圈，重用粗調調焦，待初見物像后，再改用微調。如能事先將微調調至中間位置（一般在微動燕尾的側面上刻有位置標記“-=”，當微動燕尾上的單線對著兩橫線的中間時，微調即處于中間位置），使正反兩個方向都有大體相等的調節余量，當然更好。
（２）使用高倍鏡觀察液體標本時，一定要加蓋玻片。否則，不僅清晰度下降，而且試液容易浸入高倍鏡的鏡頭內，使鏡片遭受污染和腐蝕。
（３）油鏡使用后，一定要擦拭干凈。香柏油在空氣中暴露時間過長，就會變稠和干涸。到這時再去擦拭就比較困難了。鏡片上留有油漬，清晰度必然下降。
（４）儀器出了故障，不要勉強使用。否則，可能引起更大的故障和**后果。例如，在粗動手輪不靈活時，如果強行旋動，會使齒輪、齒條變形或損壞。
